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Probablemente Tenochtitlán fue el más grande tesoro encontrado por los españoles. Luego de la caída del gran imperio prehispánico, España se convirtió en el país más rico del mundo y esto, por supuesto, no era aplaudido en muchas otras naciones. En aquél entonces ya eran bien conocidos en Europa los corsarios, una especie de piratas "legales", enviados por los representantes de los imperios para sabotear los navíos de mercaderes de otros países. El descubrimiento de América y el saqueo de México, dieron pauta para que estos corsarios comenzaran a atacar las costas iberoamericanas, principalmente del Caribe.
Algunos de los piratas más famosos llegaron a costas mexicanas, pues la mayoría conocía las rutas que trazaban los españoles. Al mismo tiempo de esto, apareció el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en la capital del país, la institución ortodoxamente católica que, además de castigar de manera mortífera la herejía y el culto a otras religiones, especialmente el judaísmo, comenzó a perseguir y capturar piratas. Las tripulaciones de piratas más famosas fueron las de el francés Pierre Sanfroy y el inglés John Hawkins, este último conocido por ser el único de ellos que, junto a unos cuantos de su tripulación capturados por la inquisición, escaparon de sus rejas.
En una de esas expediciones para robar los navíos españoles que transportaban el oro y la plata de la gran Tenochtitlán, los barcos de Hawkins se vieron severamente dañados por una tempestad que los obligó a desembarcar en los puertos de Campeche. Estando ahí, usurparon un barco español y se dirigieron a Veracruz donde repararían sus navíos. Ahí, en la batalla de San Juan de Ulula en 1569, se podía avistar el fin de los trucos del gran mago de los mares y su tropa. La tripulación del virrey Martín Enríquez de Almanza los atacaron por la noche incendiando tres de sus barcos y trasladándoles al Tribunal del Santo Oficio. Acusados de herejía fueron encerrados en la cárcel perpetúa de la que Hawkins habría de escapar admirablemente. Hawkins habría de morir mucho tiempo después, en 1596 junto a su primo el famoso pirata Francis Drake, en un intento por tomar Panamá y con ello el control de las rutas comerciales entre Europa y América.
El antiguo Palacio de la Inquisición, ubicado en República de Brasil en el Centro, aún conserva las celdas originales de aquella "cárcel perpetua", llamada así porque una vez que alguien ingresaba ahí, acusado de herejía, hechicería o rebelión, no se le volvía a ver jamás. Algunos muros del palacio todavía conservan mensajes de prisioneros que estuvieron ahí. No fue sino hasta 1810 que el Tribunal desapareció y recinto tomó diversas formas. Hoy el palacio alberga al Museo de la Medicina Mexicana, con una espectacular exposición de fetos en contenedores de cristal ejemplificando el periodo de gestación de una manera muy explícita y atónita. También funge como Departamento de Historia y Filosofía de la Facultad de Medicina de la UNAM, y posee un emblemático Archivo Histórico.