En este lugar se exhibían la flora y fauna que había en la Nueva España.
En 1790 se inauguró en el centro de la capital, el Museo de Historia Natural, un espacio que fue, entre otras cosas, el primer museo público que tuvo nuestro país. Desde su inauguración, este recinto se dedicó a la exhibición de la flora y fauna que había en la Nueva España y a la muestra de diversos instrumentos científicos de la época.
Esta idea de juntar cosas maravillosas de la naturaleza se gestó en el siglo XVI, debido a las constantes expediciones marítimas donde se comenzaron a reunir las primeras colecciones de animales y plantas. En estas excursiones se descubrieron numerosas especies, lo que marcó el inicio de la investigación científica y biológica en América.
En el siglo XVIII, Carlos III envió a un grupo de expertos en flora y fauna para estudiar y recopilar ejemplares de animales, plantas y minerales. Entonces, se formó la Real Expedición Botánica a la Nueva España con el naturalista español José Longinos Martínez a la cabeza.
En 1790, Longinos se instaló en la calle de Plateros número 89 (hoy Madero), donde derivado de sus investigaciones, se inauguró el primer museo de México llamado "Primer Gabinete de Historia Natural", ahí se ubicaron las colecciones de su colección particular. Este museo, además, se enriqueció gracias a las donaciones particulares de personajes como: Fausto Fermín Delhuyar y José Antonio Alzate Ramírez. Luego, dicho espacio fue desintegrado durante la guerra de Independencia.
Tras los saqueos que provocó la lucha de 1810, gran parte de la colección del museo se perdió, pero los objetos que pudieron salvarse se ubicaron en diversos locales, hasta que la Universidad decidió colocarlos todos juntos en el Colegio de San Ildefonso en 1802.
En 1825, por decreto del presidente Guadalupe Victoria, se fundó el Museo Nacional Mexicano, sitio que recuperó lo que quedaba del antiguo museo.
Más tarde, durante el gobierno de Juárez, el recinto incrementó su acervo y se instaló como sede de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. Después cuando llegó Porfirio Díaz, el Museo Nacional creció enormemente y se dividió en tres departamentos entre los que se incluía el de Historia Natural.
Afortunadamente, para 1913 la historia natural volvería a tener un museo individual, esta vez ubicado en el Palacio de Cristal, que en otra época había sido el Pabellón Japonés (durante la exposición del Centenario de la Independencia) y se encontraba en la calle del Chopo número 10, en Santa María la Ribera. Pero al pasar de los años la colección empezó a padecer un periodo de abandono que concluyó con la clausura del ligar a principios de los sesentas.
Fue hasta la presidencia de Adolfo López Mateos que se reinauguró, coincidiendo con la creación de otros museos nacionales, un nuevo Museo de Historia Natural en la segunda sección del Bosque de Chapultepec. Este poderoso espacio perdura hasta nuestros días, y cuenta con una basta colección de especímenes muy interesantes, incluyendo una réplica de la osamenta de un dinosaurio del periodo jurásico, obsequiada al museo en 1928 por la viuda de Andrew Carnegie; promotor y patrocinador de numerosas excavaciones paleontológicas y proyectos científicos que se desarrollaron a inicios del siglo XX.
