Desde los primeros años que siguieron a la Conquista se notó que tanto los criollos como los mestizos y los indios tenían disposición para ilustrarse y adquirir conocimientos. En la época del virreinato de la Nueva España las primeras instituciones educativas a nivel superior fueron los seminarios donde se preparaba a los hombres para ser sacerdotes.
Fray Juan de Zumárraga y el virrey Antonio de Mendoza iniciaron las gestiones para la fundación de la primera universidad en la Nueva España. Se decía que esta institución iba a ser para educar a los recién convertidos a la religión católica pero esto no se cumplió en su totalidad ya que la universidad se centró en la educación de las clases privilegiadas.
Antonio de Mendoza
Fray Juan de Zumárraga
La universidad se creó por una cédula real de Carlos V y empezó sus clases el 25 de enero de 1553 bajo el nombre de Real Universidad de México. Se organizó a imagen y semejanza de las universidades europeas de tradición escolástica, particularmente la de Salamanca. La denominación de "pontificia" se agregó unos años después por orden del papa Clemente VIII en reconocimiento a los estudios con orientación religiosa que se impartían en esta institución.
Durante los primeros años estuvo localizada en diversos recintos, iniciando sus cátedras en el lado oriente de la actual Catedral, justo donde ahora está la entrada al Museo del Templo Mayor. Más tarde se trasladaron al interior del Palacio Virreinal (hoy Nacional).
Las carreras se organizaban en facultades mayores que incluían teología, leyes, cánones y medicina; y una facultad menor, que era arte. También existían algunas cátedras sueltas como astrología, matemáticas, retórica, gramática y lenguas indígenas. Se otorgaban los grados de bachiller, licenciado, maestro, doctor. El idioma de estudio era latín.
Para ser médico por ejemplo, se tomaban cursos en cuatro años, incluyendo cirugía, anatomía, astrología y método. Los aspirantes a médicos eran interrogados en el examen profesional en las siguientes materias; de rebus naturalibus, de rebus non naturalibus, de rebus proeter naturam, de febribus, de locis affectis, de sanguinis mitione, de expurgatione, entre otras. Todo en latín.
La mayoría de los estudiantes eran españoles o criollos y aunque se admitía a algunos indígenas estos eran una minoría dentro de la población estudiantil.
La universidad estuvo en pie a lo largo de poco más de 300 años hasta que finalmente cerró sus puertas por decreto de Maximiliano el 30 de noviembre de 1865 después de varios intentos de cierre por las luchas entre liberales y conservadores que azotaban al país en estos tiempos. Se decía que la educación mexicana requería una urgente reestructuración de su sistema educativo y se proponía la creación de escuelas nacionales para las diferentes especialidades en vez de una universidad. A pesar de todas las discusiones entre liberales y conservadores que vivió el país durante la primera mitad del siglo XIX, esta institución fue indiscutiblemente el cuerpo científico más respetado que existió en América durante los tres siglos coloniales.
Hoy en día la institución que se considera heredera de la Real y Pontificia Universidad de México es la Universidad Nacional Autónoma de México fundada en 1910 por Justo Sierra.