Para los franciscanos la educación significaba evangelización.
Hacia el año 1521, luego de la conquista de México y del nombramiento oficial de la Nueva España, el Rey decidió darle nombre a todas las tierras conquistadas. Cada reino tenía su propio gobernador, alcaldías mayores y corregimientos y cada tierra conquistada dependía en última instancia del rey de España. Pero la conquista trajo nuevos asuntos a la Nueva España, entre los que se encontraba ¿qué hacer con los conquistados? ¿Cómo tratarlos y sobre todo cómo educarlos?
Esto trajo consigo un choque cultural inmensa en la nueva España, porque los indígenas tenían un enseñanza, cultura, lengua y vida propias, y bueno, la época colonial cuenta con muchos hombres de ciencia, historiadores, filósofos, teólogos y poetas; respetados y educados a la vieja tradición europea-occidental. Así que Carlos Góngora, el poeta y filosofo, astrónomo y cosmógrafo, tenía que desplazar al poeta, filósofo, y constructor Nezahualcóyotl.
Para dicha tarea, nada sencilla, la educación popular se puede traducir como evangelización de aborígenes. Ya que esta fue la primera enmienda "pedagógica" llevada a cabo por los 12 franciscanos que llegaron a la Nueva España, entre los que se encontraba Juan de Tecto y Pedro Gante; quienes hacían pintar en lienzos los asuntos principales de la biblia y en base a interpretes se podía hablar con su lengua.
El problema de educación era tan complejo que se tuvo que crear una legislación educativa dictada por Fernando el católico y por Bartolomé de las casas, quienes estuvieron a favor de los indios y les indicaban la obligación de leer y a escribir. La base de ello enseñar catolicismo, castellanización y la instrucción elemental de esta lengua, por lo que se instalaron escuelas en lengua castellana para que todos los indios aprendieran la escuela y de lectura y escritura, y las personas más hábiles en el estudio reproducían la enseñanza a los más jóvenes.
Con Pedro Gante se crearon los primeros colegios de América latina en 1523; y con Fray Juan de Zumárraga fue el primer Obispo y Arzobispo en México y funda en Texcoco un colegio para niños y para niñas. Se les enseñaba con el método Franciscano y con un tipo de educación rural, además de doctrina cristiana y trabajo de campo.
Fue Vasco de Quiroga quien creó una educación de tipo socialista, quien además de recibir enfermos e impulsar la creación de un hospital, educo a los niños con un carácter práctico orientado hacia un estilo de vida útil, donde se les educaba para eliminar la soberbia y se alternaba la educación elemental con el trabajo de la agricultura.
La educación dirigida a las niñas estaba basada en los oficios mujeriles se dedicaban a trabajo para beneficio del hospital, se dedicaban a la creación de telas de lana, seda y lino y estas eran dadas a los hospitales y se enseñaba en que la mujer debería de hacer todos los oficios mujeriles y los especiales. Más tarde, en el colegio de las niñas, se les enseñaban las artes domesticas a la vez que se les instruía en la dogmática religiosa.
La educación de los mestizos y criollos también cambió el panorama educativo en la Nueva España. De ahí que se hayan creado órdenes que debían seguir una ordenanza estricta para impartir clases, por ejemplo, que el maestro no debería ser negro ni mulato, ni indio, únicamente podía ser español con bonita letra. Debía saber matemáticas básicas, ser cristiano viejo y bien instruido, y si alguien se ponía a impartir cátedra sin supervisión era castigado con veinte pesos de oro común.
Cuando llegó la enseñanza superior indígena, surgió el colegio de santa cruz de Tlatelolco, el primer instituto de educación superior creado en América, que enseñaba latín y humanidades, retorica, medicina indígena, música y teología. En 1595 el colegio pasó de ser una institución educativa a una institución de primeras letras, pero el éxito de la universidad se vio probado por Bernardino de Sahagún que fue parte de éxito del colegio por su gran competencia en la enseñanza y en la calidad de los alumnos.
De aquella universidad, salió la idea de crear una institución académica donde se enseñaran todas las ciencias y todas las enseñanzas en beneficio de españoles y naturales en todas sus cátedras y sus facultades, que se conformó como una universidad que hoy conocemos: regida por el rector, el concelario y los catedráticos. La universidad vino a conformar y consolidar el perfil de la intelectualidad y en ella se cultivaban, sabios, teólogos, filósofos, y poetas y doctores con diversos dominios del saber.
El Imperial Colegio de Santa Cruz respondió a necesidades de formación de un selecto cuerpo de funcionarios indígenas. De aquellas aulas salieron magníficos latinistas, retóricos, traductores, amanuenses y, sobre todo, un brillante plantel de historiadores, cuya enumeración sería larga. Uno de ellos, el más importante, se llamó Fernando de Alva Ixtlilxochitl, uno de los historiados novohispanos más reconocidos de la época y descendiente de el último tlatoani texcocano.